Más tarde, como parte de su estrategia de liberar Chile y Perú del dominio español, asumió la gobernación de Cuyo y organizó el Ejército de los Andes. Tras cruzar la Cordillera, obtuvo las victorias de Chacabuco, en 1817, y de Maipú, en 1818, que aseguraron la independencia de Chile.
En julio de 1821 entró en Lima, Perú, y el 28 de ese mes declaraba la independencia de ese país. Tras la entrevista con Simón Bolívar en Guayaquil y como consecuencia de las desavenencias con el gobierno de Buenos Aires decidió marchar hacia Europa. A continuación, transcribimos un fragmento del libro Historia de San Martín y de la emancipación Sudamericana de Bartolomé Mitre.
San Martín concibió grandes planes políticos y militares, que al principio parecieron una locura y luego se convirtieron en conciencia que él convirtió en hecho. Tuvo la primera intuición del camino de la victoria continental, no para satisfacer designios personales, sino para multiplicar la fuerza humana con el menor esfuerzo posible.
Organizó ejércitos poderosos, que pesaron con sus bayonetas en las balanzas del destino, no a la sombra de la bandera pretoriana, ni del pendón personal, sino bajo las austeras leyes de la disciplina, inculcándoles una pasión que los dotó de un alma.
Tuvo el instinto de moderación y del desinterés, y antepuso siempre el bien público al interés personal. Fundó repúblicas, no como pedestal de su engrandecimiento, sino para que vivieran y se perpetuaran por sí, según su genialidad libre.
Mandó, no por ambición, y solamente mientras consideró que el poder era un instrumento útil para la tarea que el destino le había impuesto. Fue conquistador y libertador, sin fatigar a los pueblos por él redimidos de la esclavitud, con su ambición o su orgullo.
Abdicó conscientemente el mando supremo en medio de la plenitud de su gloria, si no de su poder, sin debilidad, sin cansancio y sin enojo, cuando comprendió que su tarea había terminado, y que otro podía continuarla con más provecho para la América.
Se condenó deliberadamente al ostracismo y al silencio, no por egoísmo ni cobardía, sino en homenaje a sus principios morales y en holocausto a su causa.
Con todas sus deficiencias intelectuales y sus errores políticos, con su genio limitado y meramente concreto, con su escuela militar más metódica que inspirada, y a pesar de sus desfallecimientos en el curso de su trabajada vida, es el hombre de acción deliberada y trascendental más bien equilibrada que haya producido la revolución sudamericana. Fiel a la máxima que regló su vida: “Fue lo que debía ser” y antes que ser lo que no debía, prefirió “no ser nada”. Por eso vivirá en la inmortalidad.
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